กระทรวงศึกษาธิการการได้จัดตั้งวิทยาลัยแม่ฮ่องสอน เป็นส่วนราชการในสังกัดมหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงใหม่ ที่รับผิดชอบดำเนินการจัดการศึกษาในระดับอุดมศึกษาในพื้นที่จังหวัดแม่ฮ่องสอน ตั้งแต่วันที่ 6 มิถุนายน 2548 โดยได้ทำการเปิดสอนภาคปกติรุ่นแรก 3 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการท่องเที่ยว สาขาวิชาพัฒนาชุมชน และสาขาวิชาการบัญชี มีนักศึกษารุ่นแรก จำนวน 51 คน ที่เรียนในพื้นที่จัดการศึกษาแห่งนี้ ทั้งนี้ก่อนหน้านี้มหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงใหม่ ได้จัดการศึกษามาแล้วมากกว่า 10 ปี โดยสถานที่จัดการศึกษาต่างๆ อาทิ โรงเรียนบ้านจองคำ ศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนจังหวัดแม่ฮ่องสอน วิทยาลัยการอาชีพนวมินทราชินีแม่ฮ่องสอนและในปี 2550 องค์การบริหารส่วนจังหวัดแม่ฮ่องสอนได้อนุมัติงบประมาณเพิ่มเติมเพื่อก่อสร้างสนามฟุตบอลและระบบรดน้ำ งบประมาณ 5.7 ล้านบาท และอาคารจัดแสดงและจำหน่ายสินค้าหนึ่งตำบลหนึ่งผลิตภัณฑ์ งบประมาณ 5.98 ล้านบาท